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臭氧是一种广谱、高效快速的杀菌剂，可以迅速杀灭使人和动物致病的各种病菌、病毒、病原体及微生物，且灭菌时间迅速，是氯的300-600倍，紫外线的3000倍。对于近距离飞沫和亲密接触来传播的疾病，人们不但要消灭物体表面的病毒，更重要的是消除空气中的病毒以阻断恶性传染病的传播。利用臭氧消毒机对室内空气进行消毒是目前最为有效、方便、快捷的方式之一。臭氧是已知可利用的最强的氧化剂之一，能在较短的时间内破坏病毒衣壳蛋白的多肽连使RNA 受到损伤。同时，极易分解成为氧气，不会造成二次污染。另据广东省卫生厅发布《广东省公场所预防控制非典型肺炎工作指引》，针对空气消毒做了专门的规定，臭氧消毒也被指定为重要的空气消毒方式。
臭氧杀菌机理以氧化作用破坏微生物膜的结构实现杀菌作用。臭氧首先作用于细胞膜，使膜构成成份受损伤而导致新陈代谢障碍，臭氧继续渗透穿透膜而破坏膜内脂蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，导致细胞溶解、死亡。而臭氧灭活病毒则认为氧化作用直接破坏其核糖核酸RNA或脱氧核糖核酸DNA物质而完成的。
臭氧水杀灭情况有些不同，其氧化反应有两种，微生物菌体既与溶解水中的臭氧直接反应，又与臭氧分解生成之羟基OH的间接反应，由于羟基OH为极具氧化性的氧化剂，因此臭氧水的杀菌速度极快。
欧美、日本、加拿大等国家的自来水厂应用臭氧已达到普及程度，矿泉水、纯净水厂家几乎都装备了臭氧设备，我们现在所喝的自来水、纯净水利用臭氧处理一下，就会提高水的口感和卫生条件。在矿泉水加工中在水质处理过程中，大部分微生物已被去除，但即使是采用微滤、超滤等方法处理水时，水中的细菌物质也不能全被去除。在（1）高效性：臭氧消毒不需要其他任何辅助材料和添加剂。消毒进行时臭氧发生装置产生一定量的臭氧，在相对密封的环境下，扩散均匀，包容性、通透性好，克服了紫外线杀菌存在的消毒死角的问题，达到全方位、快速、高效的消毒杀菌目的。另外，由于它的灭菌广谱性，既可以杀灭细菌繁殖体、芽胞、病毒、真菌和原虫孢体等多种微生物，还可以破坏肉毒杆菌和毒素及立克次氏体等，同时还具有很强的除霉、腥、臭等异味的功能。
（2）高洁性：臭氧在环境中可自然分解为氧，这是臭氧作为消毒灭菌剂的独特优点。臭氧利用空气中的氧气产生的，消毒氧化过程中，多余的氧原子（O）在30分钟后又结合成为分子氧（O2），不存在任何残留物质，解决了消毒剂消毒时，残留物的二次污染问题，同时省去了消毒结束后的再次清洁。
（3）方便性：臭氧杀菌设备一般安装在室内或中央空调系统、空气净化系统中，或者是灭菌设备中（如臭氧消毒灭菌柜、传递窗等）。可根据灭菌所需浓度及时间，自动设置臭氧灭菌设备的定时控制，操作使用方便。而甲醛、环氧乙酸熏蒸消毒时间长，而臭氧消毒可以天天定时开启使用。
（4）经济性：通过臭氧消毒灭菌在诸多制药行业GMP中的应用，以及医疗卫生单位的使用及运行比较，臭氧消毒方法与其他方法相比具有很大的经济效益和社会效益。
- 家庭空气消毒。将臭氧发生装置移植于空调中，在空气出口处安装臭氧催化分解、吸附装置，这样既可以制冷制热，还可以利用室内循环风对空气进行消毒、净化，分解后的氧气和负离子可以使室内空气保持清新。另外，空气消毒用臭氧发生器也可在宾馆、饭店、商场、剧院等公共空间使用。
- 制药行业的GMP验证空气消毒。洁净生产区的中央空调净化系统、臭氧灭菌柜、其他没有中央空调系统的生产用空间灭菌，我国相当一批制药企业就是使用臭氧作为主要的消毒和空气灭菌手段，如沈阳济世制药有限公司、大连珍奥药业有限公司、上海庆安药业有限公司、吉林敖东药业集团延吉股份有限公司、福建兴安药业有限公司等，臭氧作为空气消毒的主要手段为这些企业的GMP验证作出了重要的贡献。
- 医院空气消毒。医院病房、门诊手术室、治疗室等，日本使用臭氧作为空气消毒的医院就有札幌自卫队医院、名古屋保健生大学等28所医院，使用臭氧技术处理食品、卫生保健的单位和医院达53家之多，台湾使用臭氧的有荣民总医院等51家，国内的有北京医院、北京佑安医院等。
- 军用空气消毒。西方国家已经研制出军用臭氧空气消毒产品，，如在太空舱、潜水艇、坦克及其其他军用车船的舱体安装臭氧发生装置，净化空间环境，消毒杀菌。此类产品由蓄电池或光电池供电。
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