1、主要有含菌量，真菌种是处理休眠状态的，活菌数是非常低的，一但激活后活菌般都在200亿以上，激活的EM菌应该称为菌液或原液，所以说一些人说他的菌种含活菌数有几百亿这肯定不是原菌种，而是被激活后菌液当菌种销售，一些人认为活菌数越多效果越好，这也是错误的观点，如果学过微生物就很清楚，并不代表所有的活菌都有用，原菌种通过激活后可以做成成倍的菌液，理论上来说菌液的性能比原菌种的效果要好，因为已经被充分激活。
2、保存时间，EM菌种的保存时间一般至少可以存放一年以上，理论上是可以放两年时间不会存在变异，菌液只能存放几个月。
3、放大倍数，EM菌种通过激活物质可以放大十倍，菌液不能进行再放大，一些经销商为了赚取暴利，让用户使用菌液再次放大扩繁，有些可能还是有会些效果，但性能是非常之低。