中药丸有水丸（原含水率45％）、水蜜丸（30％）、蜜丸（20％）和浓缩丸（20％）之分需要烘干到含水率为6％-8％，中药丸干燥还需保持药性，丸型要圆，药丸表面需光滑，不能有裂纹，并且药丸溶解时间要短，无菌等特殊要求，中药丸物料粘稠度大，导热性差，微波干燥可以避免常规蒸汽干燥热传导差的问题，但如果微波输入功率不协调，药丸内部过热，气压力过大，也会使药丸干燥过程中爆裂和焦化。因此，微波干燥也需根据不同质地，大小含水率等制定不同的烘干工艺。
其工艺特征，把烘干区段分为若干段，这样就可以在烘干的同时始终将温度控制在60-80度左右，不会产生开裂和焦糊。
在药品生产中，为了保证药品的均匀度和良好的流动性，常将原料用一定的方法制成颗粒(药丸、胶囊、片剂)。利用微波的热效应和非热效应，进行低温干燥和杀菌处理，微波能量直接辐射到药品中，使药品内部温度升高，产生压力，加速被约束水分子的转移，被处理物品中的水份逐步向外蒸发，此时微波设备中再进行抽湿，将蒸发出来的水份带走。利用微波干燥处理药品不仅大大提高产品质量，并可大大缩短干燥时间和节约大量的能源，经济效益十分明显。
此外，微波可对各种中、西药品、药材进行干燥、脱水、消毒、灭菌、杀虫、防霉处理。可大大方便生产厂家对药品和原材料的贮存和保管。