MO42钼酸盐分析仪是由一个用来控制进入样品和试剂的量的线性蠕动泵、一个带有自清洗搅拌棒的无密封、固态的混和系统组成。

参考零点是由第一个水样通过测量空白吸光度建立的。这可以在测量钼酸盐之前补偿水样的色度和浊度。然后将试剂加到水样中，进行搅拌，直到样品变色。然后比色计会测量透过水样的光强度，并与存储的校准曲线进行比较。最后使用新的水样润洗样品池，整个测量周期每隔2.5分钟重复一次。