氯基复合肥对忌氯作物如果树（如柑桔）、薯类、甜菜、的产量和品质均有不良影响，不能用于忌氯作物上，但氯离子有促进光合作用和纤维形成等作用，对麻类等纤维作物施用尤为适宜。氯基复合肥在土壤中形成大量的氯根离子的残留，施入土壤后可增加土壤盐离子浓度，不适用于盐碱土壤中。