硫代硫酸钠在化学工业上用于制造无水硫代硫酸钠、环氧树脂，5P1催化剂等;在医药工业上作为消毒剂和洗涤剂；在印染工业和造纸工业上做脱氯剂等。还用于燃料照相定形剂，制革、轻纺、采矿、农药、废水处理，分析电镀、净化水等方面。