在化合物分子中，不同种原子形成共价键，由于不同原子吸引电子的能力不同，共用电子对必然偏向吸引电子能力强的一方，也就是说，靠近吸引能力强的原子一方电子云比较密集。因而吸引电子能力较强的原子就带部分负电荷，吸引电子能力较弱的原子就带部分正电荷。这样的共价键叫做极性共价键，简称极性键。分子中两个成键原子吸引电子能力的大小用元素的电负性来表示。O的电负性为3.5，H的电负性为2.1。所以O-H键是极性键，水分子是个极性分子。由于水分子中氧原子的电负性很强，原子的半径较小（0.099-0.138nm），所以一个水分子中的氧原子与另一个水分子中的氢原子相互吸引，也就是在两个分子间生产的一种较强的静电吸引作用，这种分子间的静电吸引作用就是氢键。

 
　　水分子间有较强的氢键的每个水分子中氧原子周围以两个共价键和两个氢键与氧原子结合。氢键增加了水分子间的结合力。氢键的键能比共价键 的键能小得多。在天然水中，通常是许多水分子通过氢键结合起来，形成环状或直线链状的构造，成为缔合的分子簇团。 水中氢键的存在使水形成独特而易变的结构



。对水施加任何作用，都会接力式地传播给几千个原子。在温度、压力或磁场等各种外界作用下，水结构会发生变化。氢键的断裂是水结构变化的必要前提。这种变化需要消耗能量。水加热沸腾，在气化过程中就破坏分子间的氢键，以单个的H2O存在。对水进行充分的良好的磁处理之后，许多氢键被切割开，使水中富含小分子团和更为活泼的单个游离水分子，原子的电子云层也被切割异化，有的得到电子，有的失去电子，经紫外光谱透过率或吸光度检测比较，可知其离子浓度高，成为离子水。对这种水进行的物理测试，水的粘度比未经处理的更小,水的电导率比未经处理的更大。水的电导率取决于离子的浓度和迁移率。在一定地质条件下，水被切割成富含小分子团的天然小分子团水。这是一种“松散”的或“分散”的水，具有更大的活性，更容易进入细胞膜，更好地参与生物化学作用。小分子团水，也叫小分子团活水，或小水分子簇（microcluster water, small cluster water, microclustered water），或者成为结构化的小分子团水（structured water）。小分子水是小分子团水的口误，但说的人多了，渐渐也就约定成俗。

 
　　天然的小分子团水在非常罕有的自然条件下形成，产地极少，在中国的广西巴马有发现天然的小分子团水。通过特殊技术经人工处理技术，也能把大分子团变成5-8个水分子组成的小分子团水。