珠母层主要成分为贝壳硬蛋白和碳酸钙的含量在92%左右，有机物占5%左右，含铝、铜、铁、镁、锰、钠、锌、硅、钛等金属元素，含组氨酸、精氨酸、苏氨酸、丝氨酸、谷氨酸、甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、胱氨酸、酷氨酸、天冬氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸等14种氨基酸；棱柱层（prismatic-calaite layer）水解液中含丝氨酸和甘氨酸等；珍珠层含贝壳硬蛋白和其他蛋白质，另含卟啉（porphyrin）