高频电子水处理器处于工作状态时，水流由进水口进入仪器内部，在高频电磁场作用下，改变水的团链大分子结构，水分子的电子处于高能状态，导致水分子电子电位下降，使水中盐类离子及带电粒子间静电引力减弱，难以相聚集。水分子与器壁间电位差减少，各盐类离子趋于分散，不向器壁聚集。形成电磁极化水，这种水流经受热体时，形成针状结晶，成为松软、沙状软垢，便于沉淀，不易板结于受热面，可随水流动，通过排污渠道顺利排出，防止新垢产生。电磁极化水渗透性和偶极距增大可浸润老垢，使之龟裂，脱落，可除去老垢。

此外，电磁极化水还可以有效的杀灭水中的菌类、藻类等，有效的抑制水中的微生物的繁殖。因器壁金属离解受到抑制，对无垢系统具有防腐作用。

阻锈、防腐原理　　水受高频电磁能量的作用后，单个水分子包容了溶解在水中的氧分子，使溶解氧变为惰性氧，封断了金属锈蚀所需氧的来源，同时，高频电磁波激起的悬垂复合调制频率的电磁场所产生“集肤效应”在管壁上聚集了过剩的负电荷，而在水内部聚集了过剩的正电荷，使水分子带有很强的还原作用，把红锈(Fe2O3)还原成具有很强耐腐蚀力的黑锈外膜(Fe3O4)，从而达到了阻锈、防腐的效果