污水处理厂平均处理负荷率偏低，城镇污水处理率与规定要求存在较大差距，部分污水处理厂进水超标、运行不稳定、不能达标排放……简单来说，一方面污水处理厂的“肚子”吃不饱，另一方面“进食”不净、“消化系统”不稳导致超标排放，这些问题的出现已影响到港城的生态环境。

污水处理厂管网建设不配套等问题的存在，导致上述现象的出现。由于各县区对污水管网建设普遍重视不够，污水处理厂建成以后，污水收集管网始终难以配套，导致污水处理厂无法稳定运行。城镇排水管网没有实施雨污分流，有雨水甚至河水进入截流管网等现象，使城镇生活污水处理厂进水污染物浓度偏低。污水管网铺设不到位，使得收集水量远低于污水处理厂运行负荷“十二五”末必须大于投运能力85%的省定标准，有的运行负荷长期在50%以下，有的甚至建成后一直没有投运。工业企业污水超标排放，导致污水处理厂无法稳定运行、排水超标。此外，部分污水处理厂工艺不合理、管理不规范，也造成出水超标现象。