红外穿透的工作原理是用被固定的红外二极管传感器的发光管部分发出固定波长的不可见红外光，穿透经过的纸币后由对面的接收管接收到的剩余光进行针对纸币的纸张和覆盖的印刷油墨的特性进行分析，并和标准值进行比较及判断。
并且利用人民币的纸张坚固、密度较高、以及用凹印技术印刷的油墨的厚度较高的情况，因而银行专用点钞机对红外信号的吸收能力较强来辨别钞票的真假。
人民币的纸质特征与假钞的纸质特征有一定的差异，用红外信号对钞票进行穿透性的检测时对红外信号的吸收能力将会不同，利用这一原理是可以实现辨伪的。
需要注意的是，银行专用点钞机油墨的颜色与厚度同样会造成红外穿透能力的差异。因此，必须对红外穿透检测的信号进行数学运算和比较分析。
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