由于芽孢杆菌是水产养殖中常用的益生菌，因此对于其在治理蓝藻水华方面的研究将有巨大的潜力。推测芽孢杆菌对藻细胞的作用类似水产消毒环境毒理效应，从云南滇池分离出的蜡样芽胞杆菌感染水华束丝藻后其叶绿素a含量、藻蓝蛋白含量显著减少，光合活性也明显降低。关于芽孢杆菌抑藻方式，目前发现主要是通过直接接触藻细胞、分泌胞外活性物质、以及与藻类竞争资源达到抑藻效果。

降低土壤有效态Cd和植物Cd积累，土壤有效态Cd含量变化取决于土壤Cd不同形态的比例分配。土壤Cd总量越高，有效态Cd的比例越高，植物体内Cd含量也就越高。一些芽孢杆菌不仅可以直接吸附土壤Cd2+，还可以通过影响土壤理化性质来降低土壤有效态Cd含量，从而降低土壤Cd对植物的毒性。枯草芽孢杆菌是土壤中广泛分布的一种需氧型细菌，在防治作物病虫病害、修复重金属污染方面起到重要作用。纪宏伟等研究发现枯草芽孢杆菌可以使土壤有效态Cd含量降低5.07%～42.63%，且培养时间越长，钝化效果越显著。范仲学等通过盆栽试验表明，施用2g/kg的枯草芽孢杆菌对缓解花生Cd胁迫的效果好，可使籽粒中Cd含量降低25.37%。Jiang CX 等以枯草芽孢杆菌为出发菌株进行诱变，筛选出一株高抗Cd的诱变菌B38，该菌和诺沃肥复合对Cd污染（10mg/kg）的土壤进行修复后，胡萝卜地下部Cd含量下降至0.15mg/kg，土壤中可提取态Cd的含量降低了73.9%。

据报道，含有10mg/L的枯草菌脂肽（产生于多种芽孢杆菌的环状脂肽）培养基，可以在2 d 内去除85%的微囊藻，鱼腥藻也可被去除70%。从具有强烈杀藻活性的芽孢杆菌SY-1 菌株中分离出一种新的多肽溶藻物质Bacillamide，发现它对多环旋沟藻有特异性杀灭作用，而且能够明显抑制由多环旋沟藻引起的有害水华。对一株具有明显溶藻效果的蜡状芽孢杆菌L7 胞外溶藻活性物质的成份进行研究后证明该活性物质不是蛋白质、核酸或者脱氧核糖核酸，但能破坏水华鱼腥藻细胞壁，使细胞收缩变形，直至消亡。侧孢短芽孢杆菌在稳定期和衰亡期的溶藻效果明显好于延滞期和对数期。37℃下短小芽孢杆菌的溶藻作用最强，其次是25℃，15℃时溶藻作用最弱，这可能与细菌的生长条件和活性有关。