加强自身卫生管理，强化食品卫生质量意识，找一名领导负责卫生工作，设立专职卫生检验机构，加强对水源、包装物、灌装间空气和产品检测，制订从水源管理、杀菌、灌装、包装到个人卫生各环节的卫生管理制度，并找专人监督实施，加强食品卫生知识的培训学习，重点掌握消毒方法和明确微生物容易污染关键环节。根据水源的特点，合理、科学地设计生产流程，配备必要的水处理和生产设备，选择符合水消毒的灭菌系统。

生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。
纯净水可通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得而成，密封于容器内，且不含任何添加物，无色透明，可直接饮用。饮用纯净水的工艺为：原水-砂滤-碳滤-精滤-一级反渗透-二级反渗透-臭氧杀菌。纯净水的工艺严苛，特别是反渗透技术是当今先进、纯净水节能有效的膜分离技术。最初用于海水淡化，其孔径非常微小，仅为10-10，它能分离溶液中离子范围和分子量几百的有机物，去除水中的溶解的盐类、胶体、微生物、有机物等，从而获得纯净的、安全的水。