生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。

纯净水可通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得而成，密封于容器内，且不含任何添加物，无色透明，可直接饮用。饮用纯净水的工艺为：原水-砂滤-碳滤-精滤-一级反渗透-二级反渗透-臭氧杀菌。纯净水的工艺严苛，特别是反渗透技术是当今先进、纯净水节能有效的膜分离技术。最初用于海水淡化，其孔径非常微小，仅为10-10，它能分离溶液中离子范围和分子量几百的有机物，去除水中的溶解的盐类、胶体、微生物、有机物等，从而获得纯净的、安全的水。
正规水厂出产的矿泉水和纯净水中一般不含防腐物质。国家标准方法（GB8537—2008）对饮用矿泉水的感官性状、多重离子含量指标、化学性污染物含量指标和微生物学指标有规定，并未对水中防腐剂含量做出规定。瓶装水没有必要添加防腐剂，在盛水容器密封的情况下，外界的空气和微生物不可能进入容器内部。水开封的情况下，空气和微生物都与水发生接触，利于微生物的生长。因此，在开封的情况下，纯净水和矿泉水的保质期在15天左右。