二代测序仪的操作流程
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年,是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司,我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等,公司尤其在 ABI 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
1)测序文库的构建(Library Construction)
首先准备基因组DNA(虽然测序公司要求样品量要达到200ng,但是Gnome Analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能应用在很多样品有限的实验中),然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段,并在两头加上特定的接头(Adaptor)。如果是转录组测序,则文库的构建要相对麻烦些,RNA片段化之后需反转成cDNA,然后加上接头,或者先将RNA反转成cDNA,然后再片段化并加上接头。片段的大小(Insert size)对于后面的数据分析有影响,可根据需要来选择。对于基因组测序来说,通常会选择几种不同的insert size,以便在组装(Assembly)的时候获得更多的信息。
2)锚定桥接(Surface Attachment and Bridge Amplification)
Solexa测序的反应在叫做flow cell的玻璃管中进行,flow cell又被细分成8个Lane,每个Lane的内表面有无数的被固定的单链接头。上述步骤得到的带接头的DNA 片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构,以供后续的预扩增使用。
3)预扩增(Denaturation and Complete Amplification)
添加未标记的dNTP 和普通Taq 酶进行固相桥式PCR 扩增,单链桥型待测片段被扩增成为双链桥型片段。通过变性,释放出互补的单链,锚定到附近的固相表面。通过不断循环,将会在Flow cell 的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片段。
4)单碱基延伸测序(Single Base Extension and Sequencing)
在测序的flow cell中加入四种荧光标记的dNTP 、DNA 聚合酶以及接头引物进行扩增,在每一个测序簇延伸互补链时,每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出相对应的荧光,测序仪通过捕获荧光信号,并通过计算机软件将光信号转化为测序峰,从而获得待测片段的序列信息。从荧光信号获取待测片段的序列信息的过程叫做Base Calling,Illumina公司Base Calling所用的软件是Illumina’s Genome Analyzer Sequencing Control Software and Pipeline Analysis Software。读长会受到多个引起信号衰减的因素所影响,如荧光标记的不完全切割。随着读长的增加,错误率也会随之上升。
5)数据分析(Data Analyzing)
这一步严格来讲不能算作测序操作流程的一部分,但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。测序得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列,要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的Contigs甚至是整个基因组的框架,或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上,并进一步分析得到有生物学意义的结果。
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务,主营产品型号:有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。
测序仪
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年,是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司,我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等,公司尤其在 ABI 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
现在市面上的基因测序仪 哪个牌子好?
现在测序仪占大头的是700测序仪和3100测序仪型,数据量大,通量高,准确性也还可以,还有就是roche的454,这个平台读长长,准确性高,但是数据量小;然后就是life technology的PGM,这个速度快,数据量小,现在新出的Proton数据量会提高到100G,不知道准确性如何;这些平台都是可以测全基因组的!
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务,主营产品型号:有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。欢迎您致电联系我们获取更多优惠~~~
测序仪之样品要求
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年,是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司,我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等,公司尤其在 ABI 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
样品要求
3130 系列系统可以分析由各种样品制备方法制备的多种类型的模板。可以从 96 孔和 384 孔微孔板中自动进样。
? 激光 氩离子多波长单模激光器,主要激发波长为:488 和 514.5 nm。
? 检测光学系统 美国应用生物系统公司 3130 系统基因分析仪使用专利的激发光和荧光检测光路 来增强荧光信号强度的均一性。这些检测光学系统实时检测来自各泳道毛细管的低本底、全波长光谱数据。毛细管的外径 (od)、内径 (id) 和间距都已进行优化,将因折射引起的信号丢失降至很低。
? 电泳电压 可达20 kV
? 操作温度范围 18°C–65°C
?计算机要求
- 硬件:Pentium? IV 处理器,2.00 GHz 处理器
- 操作系统:Windows XP? Prof