最普遍采用的巴氏灭菌法是高温短时间灭菌（HTST)，即把生奶加热到70℃～72℃，历经12～15秒钟，的工艺过程可以分为如下六个程序：

利用刚处理过的鲜奶的余热来加热新送来的生奶，可将它加热到57℃左右。

通过热水管将奶加热到72℃，并保持规定的时间。

在72℃下，保持时间不超过15秒钟6实际生产的工艺是把生奶送入管道，控制奶的流量，保证奶的受热温度达到72℃和准确的持续时间。然后，把奶输送到第一阶段系统的另一端，在那里把新送进来的生奶预热，同时其本身也受到冷却。

在热交换器内把热奶冷却到57℃左右。

冷却后，继续用冷水把奶冷却到24℃。根据冷水的供水条件和季节的不同，可能稍高或稍低。

最后阶段，把奶冷却到3℃。灌装后奶的温度保持在4℃～6℃，即可从奶厂发运销售。所有的巴氏灭菌都把结核菌作为微生物的控制指针。

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在实际生产中，消灭了所有的结核菌，就意味着其他的病菌也全被消灭。巴氏灭菌还能够消灭奶中所有的酵母、霉菌和细菌的多数植物细胞。经过巴氏灭菌处理以后的鲜奶，也会发生腐败。腐败的原因除了光催化氧化使油脂变质以及奶中各种酶以外，主要是由于细菌的繁殖所引起的。鲜有的变酸结块，通常是由于乳酸菌所造成的。

乳酸菌在10℃～37℃温度范围内会产生乳酸。当温度超过37℃鲜奶甚至还会产生大量的挥发性物质，散发出酸败的气味；一种所谓“强烈性发酵”会产生多种气体，是由大肠菌群引起的；“稀奶油结轩”和“在低酸度下的凝结”经常发生在气候温暖的气温下，出现小块脂肪漂浮在奶的表面；“粘乳”的发生是由于奶一离开牲畜的乳以后奶中的细菌繁殖所造成的，因而所有的工具和容器都必须经过严格的消毒和杀菌处理；鲜奶发苦是由于某些微生物侵袭奶中的蛋白质和脂肪并使之变质的结果；鲜奶中产生丁酸，造成腐败是由于奶中存在的脂肪酶或某些霉菌和细菌所引起的。如此等等，鲜奶的腐败形式是多种多样的，必须采取有效的灭菌和防护措施，才能确保鲜奶的质量。

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