番茄起源中心是南美洲的安第斯山地带。在秘鲁、厄瓜多尔、玻利维亚等地，至今仍有大面积种的分布。番茄属分为有色番茄亚种和绿色番茄亚种。前者果实成熟时有多种颜色，后者果实成熟时为绿色。番茄属由普通栽培种番茄及与栽培种番茄有密切关系的几个种组成，大体上又分为普通番茄和秘鲁番茄两个复合体种群。普通番茄群中包括：普通番茄、细叶番茄、奇士曼尼番茄、小花番茄和奇美留斯凯番茄、多毛番茄；秘鲁番茄群中包括智利番茄和秘鲁番茄。
现在栽培番茄的祖先是樱桃番茄。墨西哥较早驯化栽培，1523年，番茄由墨西哥传到西班牙、葡萄牙，1550年前后传到意大利，1575年相继传到英国和中欧各国，当时作为观赏植物。18世纪中叶始作食用栽培。1768年米勒首次作出植物学描述，进行分类和定名。17世纪传入菲律宾，后传到其他亚洲国家。中国栽培的番茄从欧洲或东南亚传入。清代汪灏在《广群芳谱》的果谱附录中有“番柿”：“一名六月柿，茎似蒿。高四五尺，叶似艾，花似榴，一枝结五实或三四实。.......草本也，来自西番，故名”。由于番茄果实有特殊味道，当时仅作观赏栽培。到20世纪初，城市郊区始有栽培食用。中国栽培番茄是从50年代初迅速发展，成为主要果菜之一。