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HEPA过滤器是生物安全柜的核心部分。HEPA过滤器是可处理的干型高效空气过滤器，是 由叠片状硼硅微纤维制成的，像纸一样。
HEPA过滤器可能去除至少97.00%空中微粒0.3测微表(μm)直径。 这大小微粒是最难过滤和因而被认为 多数渗透的微粒大小 (MPPS)。 是更大的微粒 或更小 过滤以高效率。
HEPA过滤器由任意地被安排的纤维席子组成。 影响作用的关键度规是纤维密度和直径和过滤器厚度。 空域在HEPA过滤器纤维之间是大於0.3 μm。 共同的假定HEPA过滤器行动像a筛子那里微粒小於最大的开头可能通过是不正确的。 至於为膜滤器微粒很大他们是一样宽的像纤维之间的最大的开头或距离不可能在他们之间根本通过。 但HEPA过滤器被设计瞄准更小的污染物，并且微粒由以下三个机制之一主要困住(他们坚持纤维) ：
拦截微粒从事流线在空气小河来临在纤维的一条半径范围内并且遵守它的地方。装紧更大的微粒无法通过跟随空气小河的弯曲的等高的地方避免纤维和被迫在他们中的一个中直接地埋置; 这增加以减少的纤维分离和更高的气流速度。扩散一个改进机制是碰撞的结果与气体分子由最小的颗粒，特别是那些在直径的0.1 μm以下，从而在他们的道路被妨碍并且被延迟穿过过滤器; 这行为是相似的蘇格兰的植物学家Robert Brown的行动并且培养可能性微粒将路过二个机制之一上面; 它变得统治在更低的气流速度。扩散在0.1 μm直径微粒大小之下占优势。 装紧和拦截在0.4 μm之上占优势。 在之间，在0.3 μm MPPS附近，扩散和拦截占优势。
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