对畜禽粪污的处理和资源化利用，各地形成了三种模式：一是能源化利用。对粪污进行厌氧发酵处理，生产氧气、生物天然气发电机或发电上网，并产生沼肥，为农村提供清洁可再生能源，同时生产有机肥；二是肥料化利用。主演包括堆沤化制作的农家肥、液态发酵的粪肥、工厂化生产的商品有机肥和沼气工程产生的沼肥（沼渣、沼液）；三是工业化处理。通过安装沼气发电机机对畜禽养殖污水进行深度处理，实现达标排放或清洁循环利用。