畜禽粪便等废弃物处理的方式主要有三种：肥料化处理、能源化处理及饲料化处理。其中肥料化处理是利用最为广泛的模式，包括未经处理直接还田、干燥后还田和有机肥还田等三种方式。畜禽废弃物未经处理直接还田是养殖户目前选择多的处理方式，占畜禽废弃物处理总量的60%以上。不过，直接还田、干燥后还田都容易造成二次污染的问题。
       能源化主要通过发电、沼气燃料来实现，而饲料化则主要用在水产养殖方面。能源化方面，已经有企业开始采用粪便等废弃物发电，而在畜禽密集养殖区也已经有用废弃物用于生活能源的情况。而饲料化利用目前发展较为缓慢。
       可以预计，畜禽粪尿的资源化、无害化处理和综合利用是今后畜禽粪尿处理的主要方向，也将对我国农业可持续发展和农产品产量质量提高及环境污染的治理起到良好作用。