由于沉井与沉箱存在诸多优点，故沉井沉箱在大型地下构造物和深基础方面有得天独厚的优势，应用极广。作为长久性地下构造物使用的有地下储油罐、地下泵房、地下沉淀池、地下水池、地下防空洞、地下车库、地下变电站、地下料坑等多种地下设施。此外，在盾构隧道工法中作为临时性的工作井（为盾构机械的搬入、组装、进发、到达、解体，管片及其他材料的运人、泥水处理设备的设置，挖掘土砂及其他废料的运出等作业提供场地）。长久性工作井有通风井、排水井、地下铁道施工盾构站设备的接收井、采矿业的竖井等，作为大型构造物的深基础使用的有高层和超高层建筑物的基础、各种桥梁基础、都市高架路基础、都市立交地下隧道通道、轻轨线路基础、磁悬浮高架基础、水闸基础，大坝港口基础、护提基础、冶金高炉基础及各种重型设备基础等等。

沉井的制作高度不宜使重心离地太高，以不超过沉井短边或直径的长度为宜。特殊情况允许加高，但应有可靠的计算数据，并采取必要的安全技术措施；在围堰筑岛上就地浇筑的沉井，在沉井的外侧周围应留有护道。护道宽度应按设计规定修筑；筑岛岛面和开挖基坑的坑底标高，应比沉井施工期高水位高出至少0.5m；沉井下沉前应把井壁上拉杆螺栓和圆钉切割掉。特别在不排水下沉时，应清除井内障碍和插筋，以防止割破潜水员的潜水服；在筑岛上，沉井下沉中，如刃脚尚未达到原河床以前，而需接高沉井时，应在沉井内回填砂土，并分层灌注混凝土，防止沉井接高加重，产生不均衡下沉，造成沉井倾斜。

沉井平面尺寸及其形状与高度，应根据墩台的地面尺寸、地基承载力及施工要求。力求结构简单对称、受力合理、施工方便。井壁：沉井的外壁，是沉井的主要部分，它应有足够的强度，以便承受沉井下沉过程中及使用时作用的荷载；同时还要求有足够的重量，使沉井在自重作用下能顺利下沉。刃脚：井壁下端一般都做成刀刃状的“刃脚”，其功用是减少下沉阻力。隔墙：设置在沉井井筒内，其主要作用是增加沉井在下沉过程中的刚度，同时，又把整个沉井分隔成多个施工井孔(取土井)，使挖土和下沉可以较均衡地进行，也便于沉井偏斜时的纠偏。凹槽：设置在刃脚上方井壁内侧，其作用时使封底混凝土和底板与井壁间有更好的联结，以传递基底反力。封底：当沉井下沉到设计标高，经过技术检验并对井底清理整平后，即可封底，以防止地下水渗入井内。顶盖：井顶浇筑钢筋混凝土顶盖，待顶盖达到设计强度后方可砌筑墩、台。