在交通运输领域，普遍地存在着政企不分的体制性问题，铁路运输系统更为明显。铁道部依然掌握着全路的主要生产、经营、投资、分配权力，既有铁路行业管理的职能，又有从事生产经营的职能；既代表国家行使国有资产的监督管理权，又有资产经营权；既是行业法规、条例的制定者，又是这些法规和条例的执行者，而被赋予法人地位的铁路局和成为虚拟法人，既不具备，也不具备完整的生产经营权，使铁路运输企业无法转型为规范的市场主体和法人主体，独立地面对运输资源。由于国家对铁路运输实行，这种价格既非来自，亦非来自企业自身的成本状况，铁路运输企业无法通过产品价格获取自身的正常。

铁路系统政企不分的主要根源之一是国家对铁路运输业的严格管制，由于铁路等的制定权尚未成为铁路运输企业的当然权力，在这种框架内即使铁道部与铁路运输企业实行，铁路运输企业也不可能成为市场主体。通过国家——铁道部——铁路运输企业三者之间的关系实现国家对运输业的严格管制，严重制约铁路运输业的发展。的发展，都经历了由国家对铁路部门实施严格管制到逐步放松管制的过程。因此改革中国铁路的运价形成机制，建立在宏观调控下由市场进行定价的新的，使运输企业走向市场，按市场需求特点组织和安排运输，在市场中提高竞争能力。