大棚生态系统是由大棚中所种植的各种植物与中的各种动物、微生物以及各种（譬如光照、空气等条件）自然因素之间的利害关系和互相之间的依存关系所构成的系统。 

传统的大棚存在温室系统过于单一，生产的品种过于划一，经营的项目大多统一的缺点。主要表现在能源投入的无畏浪费，化肥盲目滥用，产生生态与微气候环境的恶性循环，难以实现农业的可持续耕作，更难实现纯有机的生态耕作，大棚温室系统的生态与气候抵御力极弱，对于抗击自然灾害天气与极端天气的能力差，对于有害生物入侵（特别是病虫害的危害）也难以发挥系统自身的自然抵御力。