巨大芽孢杆菌作为一种重要解磷细菌被广泛应用于农业生产中，将其优化培养制成菌剂肥料使用，可以提高土壤肥质，增产增收。近年来，随着微生物肥料在农业上的广泛应用，巨大芽孢杆菌以其在土壤中的解磷作用而被深入研究，是工业上生产解磷固钾肥的常用菌种，同时在水体处理和提高发酵增香效果上有独特作用。 

巨大芽孢杆菌能降解有机磷农药和毒素。张广志等人从长期受有机磷的农药污染的土壤中分离出3株能降解磷和甲基的芽孢杆菌，其中2株为巨大芽孢杆菌。孙丰芹发现巨大芽孢杆菌TRS-3有去除作用，其发酵上清液降解AFB1的能力达到78.55%。 

从生姜田土分离的细菌B1301鉴定为巨大芽孢杆菌。在盆栽条件下，B1301处理种姜能够有效地防治由茄伯克氏菌引起的生姜细菌性青枯病。