外资企业在比什凯克自由经济区经营期间，免缴进出口关税及其他费、税。对在比什凯克自由经济区注册的外资企业输入经济区内的货物免征增值税、消费税及其他税费。当其向境外出口商品时，则须向经济区经理委员会缴纳出口报关货值1-2%的“提供税收优惠服务费”。在比什凯克自由经济区生产的产品在出口到吉境外时不受出口配额和许可证的限制。