除铁除锰净水器的主要原理是：将含铁(锰)地下水经曝气后，水中铁(锰)开始氧化，当水流经锰砂或特制石英砂滤层过滤时，由于滤料的化学作用及滤料表面的铁(锰)细菌(多芽胞绣菌、含铁嘉氏铁杆菌、单细胞铁细菌及锈色披毛菌等)的生物化学作用，在滤料层中开始发生生物化学反应、接触氧化反应及物理截留吸附等作用，这些过程的共同作用可大大加快水中铁(锰)的氧化、固化和去除，从而达到预期的效果。