实验室空调系统必须满足实验室研究要求。相对温度、湿度需严格控制外，需要足够的通风量处理烟尘、异味、空气中污物，满足排风设备通风以及实验室内热负荷要求。还需要结合实验室特点，综合分析各种因素后，选择合适的空调系统。
1、实验室的气流组织
实验室必须保持一定的温度梯度的和气流状况。通常情况下，实验室相对于走廊以及非实验室区保持负压，气流从低危区流向高危区，整栋建筑相对于外界必须保证正压以防止有害的未经过过滤处理的气体渗入。
走廊的送风需考虑到对实验室的补风以及整栋建筑的正压要求。在建筑平面布局合理的前提下，充分考虑送风口、回风口以及排风口的位置，送回排风量的匹配，建立房间之间合理的压力梯度，保证空气有序流动，防止交叉污染。在实验室的设计中不仅要考虑气流的流向，还要考虑流向、不同洁净等级或不同功能房间的压差，通常为5~10Pa，生物安全实验室相邻不同功能房间压差通常为10~15Pa，要充分考虑人流、物流的路线，最大限度地减少室内的回流和涡流，避免污染物扩散到室内，危害人员和环境的安全。特别要注意通风柜对室内气流组织的影响，在实验室通风柜、生物安全柜附近的区域应尽量避免紊流的出现，紊流在罩边的影响远比在罩前的影响大。
实验室气流的压力控制主要有直接压差控制法和余风量控制法。
（1）直接压差控制法
直接压差控制法即通过压差传感器测量室内与参照区域的压差，与设定的压差比较后，控制器根据偏差调节送风量（或排风量）进行控制，从而达到要求的压差。这种压力控制法为反馈控制，系统的响应时间长，控制精度低。
（2）余风量控制法
实验室的送风量与排风量之间保持一定的风量差（称为余风量），必然会导致实验室内外产生一定的压差。当室内总送风量大于室内回风、排风总量时，空气通过余压阀和房间的缝隙排除，与相邻区域建立起正压，避免环境中污染物进入室内，如要求洁净度较高的场所。
当房间总送风量小于回风、排风总量时，空气通过相邻房间或由室外进入室内，室内呈负压，此类负压系统是为了保证环境的安全，保证未经处理的污染物不会流向室外，如生物安全实验室、负压动物房等。余风量控制法的优点是压差控制准确、系统波动小、平衡迅速。系统在不受外扰的条件下属于前馈控制，系统响应时间短，控制精度高，多数洁净室采用此种压力控制方法。
对于要求压力控制精度高且需要压力稳定的场所（如生物安全实验室），多以余风量控制法为基本控制方法，同时加入压力传感器和控制器对余风量进行设定。以产生压差的余风量确定送、排风量，同事对余风量进行检测，当余风量偏离设定值达到一定程度时，系统自动报警，此时需要对测量装置或可能产生漏风的设备（如风管系统、围护结构）进行处理。余风量控制与压力控制相结合，可以实现系统的动态控制，确保压力系统压差的准确。
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