肽酶最早用于奶酪的制作，后来早期用于果汁凝乳（根据荷马史诗“伊利亚特”中的记载，使用过无花果汁，包含Ficain酶c01.006）和“凝乳酶”，动物胃中含有凝乳酶（a01.006）。肽酶也可用来嫩化肉类，澄清啤酒，提高奶酪和宠物食品的风味。在皮革工业中主要用于要去除的毛发，使皮革更柔软（“软化”和“浸泡”皮革工艺）；然而，许多这些专有产品的序列和有机物的来源都不是公开的。肽酶也广泛使用于清洁材料中，如生物洗涤粉和镜头清洁液。除了作为药物的靶点外，肽酶可以帮助消除胃肠道寄生虫（Anthelminthics）、帮助烧伤患者去除死皮（清创）、测定血团及通过消化软骨以缓解背痛、制疗椎间盘突出（化学溶核术Chemonucleolysis）等。肽酶在实验室也被广泛用作抑制蛋白试剂，并制造多肽所需的蛋白序列