1.食品工业应用:可利用酶促反应,使食品大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、饼干松化剂、面条稳定剂、啤酒饮料澄清剂、高级口服液、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等。有效转化蛋白质的利用,大大提高食品营养价值,降低成本。有利于人体的消化和吸收。2.美容化妆品应用:将木瓜蛋白酶加入到含有蛋白质和油脂的化妆品中,具有独特的美白嫩肤、美颜保健、祛斑除污垢、促进血液循环、改善肌肤等功效,提高产品档次。可制成减肥茶、美容护肤品等。3.日化品工业应用: 用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液等,去污力强,除菌消毒、安全放心。4.饲料工业应用: 用于饲料添加剂,开发蛋白源,利于吸收,提高饲料的利用率,节约成本,有助于牲畜消化,加速生长。如在猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、鱼、虾等饲料中添加。还可以作为蔬菜水果高级复合肥料的添加剂。5.皮革工业应用: 利用木瓜蛋白酶制成脱毛剂,鞣制皮革,具有毛孔细腻,皮纹光亮效果。纺织工业应用:可用于处理羊毛、蚕蛹脱胶、蚕丝精炼,能达到手感柔软、舒适、抗收缩、抗张强度等效果。