MES在工厂综合自动化系统中起着中间层的作用——在MRP II、ERP系统产生的长期计划的指导下，MES根据底层控制系统采集的与生产有关的实时数据，对短期生产作业的计划调度、监控、资源配置和生产过程进行优化。
MES的计划调度功能与ERP车间层的功能有些类似，但MES的计划调度的功能比较强，制定的计划也比较详细。对于ERP来说，虽然ERP能够很好地解决生产计划问题，但是在车间这一层次的控制却往往不够完善。例如，ERP里面的车间控制模块计划功能一般很弱，主要是执行MRP计划。它把MRP计划变换为车间加工单和调度单，并按车间加工单和调度单执行，同时对计划执行情况进行反馈，并进行投入与产出控制。
ERP系统车间加工单和调度单的时间跨度（或计划期）常常比较长，通常为周。车间加工单和调度单中的设备资源，则是以工作中心为单位的，但对工作中心的定义往往没有严格规定，完全根据系统的实施要求和控制细度来确定的。通常，工作中心在ERP中被定义为一组设备资源，所有信息的反馈与成本的核算等都是以工作中心为单位进行的。 ERP通常采集主要工序现场信息的时候，基本靠手工录入，不仅效率低、易出错，而且输入的数据是基本上是前一个班或前一天的数据，信息滞后。
而MES一般按车间层和单元层分级制定作业计划，并对车间的每一台设备或操作人员分派任务。MES中的车间加工单与ERP的类似，MES中的调度单是对车间加工单在时间和空间范围内的进一步分解，通常会细化到计划期内每个单元每台设备每天（或每班）的生产任务。同时，以分派工单的形式把第二天或下一班的生产任务分派到每一个操作人员（或设备）上。
MES系统反馈的数据不仅包括每台设备、每个工序和每个操作人员的数据，还包括加工过程中的状态数据，而且由于采用自动化数据采集技术，使状态数据可实时采集。采集的数据经过层层汇总，最后可得到整个工厂的生产现场数据。 如果把MES与ERP集成起来，不仅能充分发挥它们各自的优势；同时，可使MES系统的生产计划更合理，使ERP系统的数据更及时有效，工作效率更高。MES与ERP间的集成数据与MES、ERP间的界面划分有关。一般而言，即可以由MES来承担所有车间层和单元层的功能，也可以由ERP承担车间层的功能，由MES来承担单元层的功能。但从系统的集成角度看，由MES来承担所有车间层和单元层的功能实施比较容易。
