20世纪90年代中期至2001年，随着中国农村种植结构的调整，工厂化设施农业的迅猛发展，经济类作物种植面积的增加及农民收入的继续提高，多功能微耕机有了一个较大的发展。这一阶段，除了许多农机厂和农机研究所外，一些发动机厂、拖拉机厂、机床厂、林业机械厂、汽车配件厂和摩托车厂等也都纷纷涉足微耕机行业。如安徽长江农业装备股份有限公司（安徽六安手扶拖拉机厂）生产长江系列田园管理机，山东常林集团（山东手扶拖拉机厂）生产沭河系列耕耘机，浙江四方集团公司（浙江省永康拖拉机厂）生产四方系列管理机，东风农机集团公司（常州拖拉机厂）、福建拖拉机厂、广西南宁手扶拖拉机厂等也开始生产微耕机，就连重庆的3大摩托车生产厂（嘉陵、隆鑫和宗申）也都先后涉足微耕机。据估计，仅山东省2000年生产微耕机的企业就超过了30家，到2001年底全国生产微耕机的厂家达100多家。众多厂家依据自身的特点开发和生产不同类型的微耕机，有的还根据当地农作物的种植特点给微耕机增加了一些新功能，比如开发了一些用于套种的配套机具等。