2006 SUZUKI GSX-R600和04款相比，新车最重要的变化是引擎体积更纤巧。GSX-R600引擎的长、阔、高都分别缩小了54mm，16mm和20mm之多，并减省了一公斤重量。　　2006 SUZUKI GSX-R600的新引擎改变了阀门的排列方法，把压缩比由12.3调高至12.5。因為缩短了引擎，所以枢轴也顺理成章地向前移。因利成便之下，新车可以採用较长的尾摇臂来进一步减低尾避震伸缩的幅度，骑士也可以更清楚地感受到尾轮抓地力变化的情况。　　引擎虽然缩少了，但Suzuki却有办法在曲轴之前增设了第二平衡轴，可以在高转时减低震盪感。其餘改良项目包括把Ram-Air入风口轻微移近车头中央位置4mm，新啡呤更把风阻下降了5%。选用差速单向式赛车极力子，减低激烈拖波时尾轮锁死的机会。全新设计的水箱，採用上阔下窄的设计，能提高散热能力之餘，也不会增加风阻。GSX-R600的电喷口径由38mm增至40mm。前制动碟的直径也由300mm增至310mm。车身呎码也比以前细小，长度缩短了15mm，高度少了25mm，更可喜的是座位高度也降低了15mm，脚踏也具有纵向和横向15mm微调功能。车尾坐下位置空间充足，超溥车主手册，多款跟车工具，可以随时作紧急维修。倒后镜採用固定脚码，不方便摺镜。可调较式脚踏位置及原装订把都是吸引的原庄设备。　　继R1000 K5之后，又短又低的全新SAES死气喉继续在2006 GSX-R600身上出现。这个形态的死气喉，拥有低重心低风阻和重心更集中的优点，在06 YZF-R6和06 FZ1身上也找到类似设计。