其主要作用是对蛋白质有的加水分解能力。最适作用温度为65℃，最适作用pH值为5.0～7.0，在中性或偏碱性时亦有作用，耐热性强，可在50～60 ℃时使用。90℃时不会完全失活。等电点pH8.75。

酶制剂。主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白质，避免冷藏后引起的浑浊)、肉类软化(水解肌肉蛋白和胶原蛋白，使肉类嫩化)、谷类预煮的准备、水解蛋白质的生产。在啤酒抗寒和肉类软化方面的应用，远比其他蛋白酶类广泛。用量一般为1～4mg/kg。

木瓜蛋白酶广泛用于肉类嫩化，也可作为啤酒的澄清剂使用。我国规定可用于饼干、肉禽制品水解和动、植物蛋白，按生产需要适量使用。

木瓜蛋白酶能够将纤维蛋白酶原激活成为纤维蛋白溶酶。它只作用于坏死组织，溶解病灶内的纤维蛋白、血凝块和坏死物质。清洁创面，助长新生肉芽，促进排脓排液。加速伤口愈合。木瓜蛋白酶常用于治疗水肿，炎症以及驱虫（线虫）等疾病。但是用药后有轻度皮肤炎和局部出血、疼痛感。反复使用可引起过敏反应。严重肝肾病患者慎用，血凝机能不全及全身感染病人忌用，忌同抗凝剂配伍。

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