超滤膜在使用后，由于分离物质及其他杂质在膜表面会逐渐积聚，对膜造成污染和堵塞，膜的有效清洗是延长膜使用寿命的重要手段。常用的清洗方法有化学清洗、物理清洗两大类。

即关闭超滤水阀门，打开浓缩水出口阀门，靠增大流速冲洗膜表面，该法对去除膜表面上大量松软的杂质有效。

由于水的纯度增高，溶解能力加强。清洗时可先利用超滤水冲去膜面上松散的污垢，然后利用纯水循环清洗。

即清洗水从膜的超滤口进入并透过膜，冲向浓缩口一边，采用反向冲洗法可以有效的去除覆盖面，但反冲洗时应特别注意，防止超压，避免把膜冲破或者破坏密封粘接面。

常用溶液有盐酸、柠檬酸、草酸等，调配溶液的PH=2~3，利用循环清洗或者浸泡0.5h~1h后循环清洗，对无机杂质去除效果较好。

常用的碱主要有NaOH，调配溶液的PH=10~12左右，利用水循环操作清洗或浸泡0.5h~1h后循环清洗，可有效去除杂质及油脂。

利用1%~3%H2O2、500~1000mg/L NaClO等水溶液清洗超滤膜，可以去除污垢，杀灭细菌。H2O2和NaClO是常用的杀菌剂。

如0.5%~1.5%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，对去除蛋白质、多糖、油脂类污染物质有效。