南方红豆杉树苗，耐荫树种，喜阴湿环境。喜温暖湿润的气候。自然生长在山谷、溪边、缓坡腐殖质丰富的酸性土壤中，中性土、钙质土也能生长。耐干旱瘠薄，不耐低洼积水。很少有病虫害，生长缓慢，寿命长。
南方红豆杉是中国亚热带至暖温带特有成分之一，在阔叶林中常有分布。喜生于山脚腹地较为潮湿处。对气候适应力较强，年均温11—16℃，最低极值可达—11℃，耐阴湿力强，要求肥力较高的黄壤，黄棕壤(酸性，微酸性土壤)，较能耐水湿，南方红豆杉具有较强的萌芽能力，树干上多见萌芽小枝，但生长比较缓慢。