庭院设计运用的绿色植物具有产生氧气、吸滞尘烟、吸收有害气体、杀灭细菌、改善气候等功能，被誉为“环境的自然保护者”，而私家屋顶花园的营建可以使植物在住宅建筑上形成规模性，从而极大的增加绿量，有效地发挥绿色植物在调节温度、湿度、净化空气、滞尘、降噪、抗污染等方面改善环境的作用，因此在进行植物选择时，注重植物的生态性是极为重要的一个方面。
植物选择实现生态性，要实现植物的生态性，需要实现植物的规模化种植，若植物绿量太少，其生态作用则不显著。在进行私家屋顶花园的空间划分时，要规划足够的种植空间来进行植物的种植，同时要注重整体建筑立面的绿化效应，使植物绿化量大，绿化的范围大，从而更好的实现生态效应。其次，在植物选择上，要选择最适宜屋顶花园栽植的生态型植物，并精心配制种植土，以保证植物的良好生长，增加叶面积指数，增加叶绿体含量。最后，在绿化方式上要充分利用花园的竖向和平面空间，利用棚架植物、攀援植物、悬垂植物等实现立体绿化，尽可能的增加绿化量。
植物选择注重环境适应性，由于庭院场地有限，且位于风力强、缺水和少肥的环境，以及受到光照强，光照时间长，温差大等自然条件，所以对植物生长不利，为了保证植物的正常生长，应该选择生长缓慢、耐早、耐寒、喜光、抗逆性强、易移栽和病虫害少的植物，另外植物选择一般以浅根性树木为主，不宜种植高大的乔木。
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