钼酸铵主要用于冶炼钼铁和制取三氧化钼、金属钼粉作为钨钼合金、钼丝的原料;其次是用于作化工的催化剂;少量用作农用钼肥;极少量用于医药方面,为多种酶的组成部分，钼的缺乏会导致龋齿、肾结石、克山病、大骨节病、食道癌等疾病。
主要用于长期依赖静脉高营养的患者