钼矿的选矿方法主要是浮选法，回收的钼矿物是辉钼矿。有时为了提高钼精矿质量、去除杂质、将钼精矿再进行化学选矿外理。钼矿的破碎一般都采用三段一闭路流程，破碎最终产品粒度为12～15毫米。
磨矿通常用 球磨机或棒磨-球磨流程。浮选采用优先浮选法。粗选产出钼粗精矿，粗扫选尾矿回收伴生矿物或丢弃。钼粗精矿采用两、三段再磨，四，五次精选获得最终钼精矿。
为保证钼精矿质量，对钼精矿中所含的铜、铅、铁等重金属矿物和氧化钙以及炭质矿物需进一步进行分离：
一般使用硫化钠或硫氢化钠，氰化物或铁氰化物制铜和铁；用重铬酸盐或诺克斯（Nokes）抑制铅。如果使用抑制剂，杂质含量还达不到质量标准，尚需辅以化学选矿处理：次生硫化铜用氰化物浸出；黄铜矿用三氯化铁溶液浸出; 方铅矿用盐酸和三氯化铁溶液浸出，均可达到标准含量。
含氧化钙的脉石易泥化，因此，对于含此类脉石的矿石切忌过磨。生产上往往添加水玻璃，六聚偏磷酸钠或有机胶作脉石抑制剂或分散剂；也可用活性炭加CMC（羧甲基纤维素）抑制碳酸盐脉石。最终可用盐酸或盐酸加三氯化铁溶液浸出处理。
含炭质矿物的分离，首先要查明炭质是属石墨类、沥青类或煤类。这些炭质矿物的可浮性与辉钼矿相近，但密度较小，一般可用重选法进行脱除；使用六聚偏磷酸钠和CMC抑炭浮钼；或加三氯化铁、水玻璃和六聚偏磷酸钠抑制炭质也有效；采用焙烧除去有机炭，也是办法之一。
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