微波杀菌的时间很短，用于食品杀菌，就较少的破坏食品的营养成分，改善食品的质量。有时微波杀菌和食品工艺结合起来，既保持原有食品的风味，并比传统加工食品的方法较彻底地进行杀菌。微波食品杀菌和包装技术相结合，可以将保存期延长到三个月以上。包装食品的大量生产，可望大幅度地减轻家庭劳动量。微波杀菌的方法，可使用于众多的领域，如食品、中成药、生物制品、中药材、酱油、饮料、瓦楞纸防霉、果树表层病变治疗等等。