由于以下原因，EDI膜堆需要按时清洗和消毒：

1)     由于硬度结垢，主要发生在浓水室；

2)     离子交换树脂和膜的无机物及有机物污堵；

3)     对膜堆和系统管道及其它组成的微生物污染。

进水中的矿物质含量超出设计值或者回收率超过设计值时，将导致浓水室结垢。因为污垢会随着时间而累加，因此即便这类物质浓度很小，接触时间也比较短，仍有发生结垢的可能性。硅结垢通常比较难以去除，但是硬度结垢很容易通过酸洗去除。使用低pH溶液在系统内循环清洗，可以去除浓水室的结垢。具体清洗方案见附录2。

当进水中的铁和锰含量高，或者是高TDS（水中总溶解性固体含量）的水意外进入EDI膜堆时，在淡水室的离子交换树脂就会形成无机物污堵。由于这种现象在浓水室也有可能发生，建议对膜堆中所有隔室进行清洗。具体清洗方案见附录3。

当进水中的有机物含量超过设计标准时，淡水室的离子交换树脂会发生有机污堵。用高pH的盐水循环清洗可以将有机分子清除出离子交换树脂。用相同的溶液循环也可以清除浓水室的有机污染。具体清洗方案见附录3。

当环境适于微生物生长，或者进水中存在细菌和藻类的时候，EDI膜堆和系统组件就会发生生物污染。在污染变得开始严重之前应该对设备进行消毒，以清除生物污染。具体清洗方案见附录4。

  如果EDI膜堆在断电或给电不足的情况下运行，膜堆内离子处于离子饱和状态，纯水的水质会降低。为了再生离子交换树脂，将水流通过组件，并慢慢增加电源供应电压，使被吸附的离子迁移出系统。树脂再生时，膜堆应在较高电流和较低水流量的条件下运行。