活性炭过滤器消毒杀菌的原理是去除介质中的悬浮物颗粒、微粒。活性炭凭借其良好的吸附性能，去除空气中的悬浮物、微粒，而病毒细菌基本上都寄存孳生于悬浮物及微粒上，在活性炭吸附净化过程中细菌浓度也被大幅度降低。因此，活性炭过滤器具有一定的消毒杀菌功能，但并非专门的消毒灭菌装置。

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活性炭颗粒的大小对吸附能力是有一定的影响。一般来说，活性炭颗粒越大，过滤面积就越大。所以，粉末状的活性炭总面积最大，吸附效果会是最佳，但粉末状的活性炭很容易随水流入水族箱中。颗粒状的活性炭因颗粒成形不易流动，水中有机物等杂质在活性炭过滤层中也不易阻塞，其吸附能力强，携带更换更加方便。

需要注意的是，使用时间一长，活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也随之下降。有机物含量越来越高了，活性炭就会很快丧失过滤功能。所以，一定要记得定期清洗或更换活性炭。