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高等真菌按科学分类可分为两类：

　　子囊菌门：子囊菌的孢子形成于子囊中，如羊肚菌。 担子菌门：担子菌的孢子生长于担子柄末端，大部分蕈类都属于担子菌门。 按形态分类则可分为5类：

　　褶菌类：有菌褶，如香菇。 非褶菌类：无菌褶，如灵芝。 腹菌类：子实层包裹在蕈体内，如鬼笔。 胶质菌类：担子柄分隔，如木耳。 子囊菌类：孢子生长在子囊内，如冬虫夏草。