土壤酸化的危害如同土壤水土流失的危害一样，它不断影响、危害、蚕食着绿色植物的生长发育及生存环境。
1、抑制根系发育：土壤酸化可加重土壤板结，使根系伸展困难，发根力弱，缓苗困难，容易形成老小树，老僵苗，根系发育不良，吸收功能降低，长势弱，产量降低。
土壤酸化加重农药浪费：酸化土壤中植物长势减弱，抗病能力降低，易被病害侵染，不得不增加施药量。
2、施肥无效：大部分中、微量元素吸收利用率很低。土壤酸化导致肥料流失严重，肥料利用率不足30%。土壤酸性不单使70%的氮素流失，同时也使60——80%的易生成不溶性物质的磷钾成份吸收不了，加上酸性导致根系生长弱及养分自身吸收利用率低，其结果导致大量使用化肥，作物却生长缓慢，病害多，产量低，品质差，造成投入增加，效益大幅度降低。
3、作物营养不良，缺素症严重。如苹果苦痘病、红点、根瘤、丛叶、花叶、果锈病及梨铁头、斑点、鸡爪印等缺素症及病毒等病频繁发生。树势抗逆力弱，容易受病菌侵蚀，用再好的药也控制不了病害的发生!由于土壤酸化，改变了土壤微生态环境，根际有害微生物在酸性条件下大量繁殖，且这些病害控制困难，如黄瓜镰刀菌枯萎病容易大发生。
尤其是十字花科的根肿病和茄果类蔬菜的青枯病、黄萎病和辣椒三落(落花、落果、落叶)等增多。会出现铝、锰、铁离子的毒害，使作物产生黑根、锈根;芹菜、白菜的根腐病，番茄的青枯病，莴苣出现“金镶边”。
4、土壤有益微生物种群变化，细菌个体生长变小，生长繁殖速度降低，如分解有机质及其蛋白质的主要微生物类群芽孢杆菌，放线菌、甲烷极毛杆菌和有关真菌数量降低，影响营养元素的良性循环，造成农业减产。特别是酸雨可降低土壤中氨化细菌和固氮细菌的数量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降，对农作物大为不利。
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