HiSeq 2000的测序原理和Genome Analyzer相同，采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术。该技术使用4种含有末端阻断基团和不同荧光信号的碱基进行模板互补链的合成，不仅确保了测序的高精确性和高顺序性，而且排除了由重复序列和同聚物导致的测序错误。

　　在光学系统和制造工艺方面，HiSeq 2000在Genome Analyzer的基础上进行了全面改进和提升。光学系统采用2个激光源对Flowcell进行扫描，并使用4台照相机对4种碱基分别进行记录，大幅度减少了不同碱基之间的信号干扰，提高了测序系统的准确度。同时，HiSeq 2000使用了新颖的双表面成像技术，增加了Flowcell的有效面积，从而提高测序产量和降低成本。

　　测序原理

　　Hiseq 2000技术是基于DNA单分子簇的边合成边测序技术，和专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板DNA的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS（边合成边测序）技术对待测的模板DNA进行测序。这种新方法确保了高精确度和真实的一个碱基接一个碱基的测序，为同聚物和重复序列的测序提供了一个很好的解决方案。

　　应用范围

　　基因组de novo测序，基因组重测序，转录组测序，小RNA测序，ChIP-Seq测序，甲基化测序等。

　　性能参数

　　1）参数

　　读长 单流动槽的运行时间 双流动槽的运行时间 双流动槽的产量

　　1 x 36 bp ~ 1.5 天 ~ 2 天 95-105 Gb

　　2 x 50 bp ~ 4.5 天 ~ 5.5 天 270-300 Gb

　　2 x 100 bp ~ 8.5 天 ~ 11 天 540-600 Gb

　　2）通量

　　对于2×100 bp的运行，每天最多55 Gb。

　　3）读取

　　最多30亿个通过过滤的簇以及最多60亿个末端配对读取

　　4）性能

　　HiSeq系统提供了产量的完美读取以及高于Q30的碱基

　　• 对于2×50 bp的运行，85%以上的碱基高于Q30*

　　• 对于2×100 bp的运行，80%以上的碱基高于Q30*