BS连锁专业版跟商家联盟最大的区别有以下几点：

    1.商家联盟是不同老板，不同行业的连锁商家加盟到总的商家联盟统一管理，BS连锁专业版就是同一老板同一行业的连锁店进行总部管理分店。

    2.商家联盟是由总部统一发卡给分联盟商，分联盟商需要向总部购买会员卡，并且是总联盟商指定的会员编号才能将会员登记到系统里面去，BS连锁专业版可以各分店自己购买会员卡。

    3.商家联盟要分周期结算，因为不是同一老板，会员在不同的商家都可以进行充值消费，那么总部必须要进行周期结算，将这个账目理清。BS连锁专业版是各店自己结算就可以了。

    4.商家联盟分联盟商需要向总部购买积分，分联盟商才可以给会员相应的积分，BS连锁专业版积分是由各分店自己给会员进行积分。

    5.商家联盟的礼品平台是由统一总部设置的，BS连锁专业版是各分店自己设置自己的。