同时，在制曲及发酵过程中，从空气中落入的酵母和细菌也进行繁殖并分泌多种酶。也可添加纯粹培养的乳酸菌和酵母菌。由乳酸菌产生适量乳酸，由酵母菌发酵生产乙醇，以及由原料成分、曲霉的代谢产物等所生产的醇、酸、醛、酯、酚、缩醛和呋喃酮等多种成分，虽多属微量，但却能构成酱油复杂的香气。此外，由原料蛋白质中的酪氨酸经氧化生成黑色素及淀份经典霉淀粉酶水解为葡萄糖与氨基酸反应生成类黑素，使酱油产生鲜艳有光泽的红褐色。发酵期间的一系列极其复杂的生物化学变化所产生的鲜味、甜味、酸味、酒香、酯香与盐水的咸味相混和，最后形成色香味和风味独特的酱油。
按照制造工艺分主要从发酵方式进行分类。（另外还可以从无盐、低盐、高盐、固稀、温酿、消化等方式加以区别。）此处只以业内最普遍的习惯区分方法加以分类。1.低盐固态工艺：相对高盐稀态工艺，低盐固态发酵采用相对低的盐含量，添加较大比例麸皮、部分稻壳和少量麦粉，形成不具流动性的固态酱醅，以粗盐封池的方式进行发酵，大约经过21天保温发酵即可成熟。提取酱油的方式为移池淋油或原池泡淋取油。特点：发酵时间短，酱香浓，色泽深，氨基酸转化率较低。2.浇淋工艺：以发酵池进行发酵，发酵池设假底，假底以下为滤出的酱汁，经过用泵抽取假底下酱汁于酱醅表面进行浇淋，实现均匀发酵的目的。是低盐固态酱油的改良工艺，之所以单独区分来讲，是因为他越来越有取代低盐固态酱油的趋势，并且因其较低盐固态工艺原料利用率高、风味好、改造投资小的优势而为多数生产企业所接受。3.高盐稀态工艺：以豆粕和小麦为原料，经原料处理、豆粕高压蒸煮、小麦焙炒、混合制曲发酵、压榨取汁的一种发酵工艺。
酱油的原料处理 分为3步。①饼粕加水及润水：加水量以蒸熟后曲料水分达到47—50%为标准。②混和：饼粕润水后，与轧碎小麦及麸皮充分混和均匀。③蒸煮：用旋转式蒸锅加压（0.2MPa）蒸料，使蛋白质适度变性，淀粉蒸熟糊化，并杀灭附着在原料上的微生物。制曲分两步。淄博三蕉叶酱油厂酱油的原料处理 分为3步。①饼粕加水及润水：加水量以蒸熟后曲料水分达到47—50%为标准。②混和：饼粕润水后，与轧碎小麦及麸皮充分混和均匀。③蒸煮：用旋转式蒸锅加压（0.2MPa）蒸料，使蛋白质适度变性，淀粉蒸熟糊化，并杀灭附着在原料上的微生物。制曲分两步。