发菌阶段的管理
灵芝是喜温型真菌，菌丝生长温度以26~28℃为佳，子实体在24~28℃温度下长势好，低于18℃子实体不能正常发育。发菌期间，培养室内温度保持22~30℃，空气相对湿度保持50%~60%。每天通风半小时，每隔5~7天菌袋上下翻动1次。当菌丝题发满料袋溶剂三分之二时，移入培养棚内，松开料袋口，用手轻轻一提，留一点缝隙。棚内以散射光为宜，避免强光直射。经25~32天，菌丝便可长满料袋。个别料袋菌丝发育不均匀，可挑出单放。
灵芝的保质期
灵芝产品应置于阴凉干燥处保存，避免强光直接照射。一般来说，经过加工的灵芝产品保质期在18~24个月之间，而未经加工的灵芝原材料性质的产品保质期可达三年。三年后的灵芝产品的有效成份会逐渐被氧化与流失，从而无法达到预期的疗效。为保证最合适的灵芝药效,做好是三年内服用灵芝.中药材保质是有些有些长的,一般最好也不要过三年.灵芝一般均晒干保存的,主要是要干燥.最好不要放冰箱,易受潮,滋生细菌。


灵芝出芝阶段的管理
当菌丝长满料袋后，用刀片把两端割成5角硬币大小的圆形口，以利出芝。出芝时棚温保持在26~30℃，空气相对湿度提高到90%~95%，并提供散射光和充足氧气，保持地面存有浅水层，每天上午8时前及下午4时后打开门及通风口换气，气温低时中午12时通风换气。原基膨大3~5天，逐渐形成菌盖时，增加喷水保湿，气温过高时喷水保湿。
通风不良易出现畸形灵芝，当出现畸芽时要及时割掉。菌盖逐渐由白色转浅黄色，由黄色转为红褐色，菌盖边缘白色基本消失，边缘变红，菌盖开始革质化，背面弹射出红褐色的雾状孢子时，表明灵芝子实体已成熟，应及时采收。从割口到采收需40~45天。
采收
灵芝采收前1周停止喷水，关闭通风门口，通道地面铺上塑料薄膜，以便收集散发的孢子粉。孢子散发后，菌盖由软变硬，没有浅白色边缘，颜色由淡黄色转变为红褐色，不再生长增厚时，即可采收成熟的灵芝。采收灵芝时从柄基部用剪刀切除或用手轻摘，采收后及时阴干，有条件的烘干或晒干至含水量为12%，即为灵芝成品，装袋，置于干燥的室内保存或出售。成品以身干、菌盖肥厚、菌柄粗壮、质坚硬、色红褐、具漆样光泽者为佳。
注意事项
春芝的管理：3~6月产出的灵芝叫春芝。这一阶段调湿是关键，要适时进行菌棒浸水。浸水前先用8号铁铲从菌棒的一头穿到另一头，然后把菌棒排放与水槽或水沟中，以淹没菌棒为宜。注意：菌棒减量不到五分之一暂时不浸，温度超过25℃以上暂时不浸。
秋芝的管理：11~12月产出的灵芝叫秋芝。其管理要点：温度保持12~15℃，空气响度湿度保持85%~90%。在空气新鲜的情况下，减少水分蒸发，做好保湿工作。当芝蕾长到黄豆大小时，视天气情况喷水。气温高于20℃时早晚喷，中午不喷；雨雪天不喷；阴天少喷。
冬芝的管理：1~2月产出的灵芝叫冬芝，其质量最好。此时芝房内温度不要低于3℃。早晚不宜开窗，中午气温高时，适当开窗通风换气。