壳聚糖酶在工业上可用于壳寡聚糖（Chitooligosaccharides，简称COSs）的制备，由于COSs的水溶性，更利于人体吸收，因而COSs在食品工业中上可作为添加剂

壳聚糖酶是一种RP蛋白，可以提高植物的抗病能力。同时利用壳聚糖酶降解一些真菌细胞壁，用以鉴定细胞壁的精细结构，可以防治病原菌，提高农作物产量。因此壳聚糖酶可以作为农业应用中的生物控制剂。