监控设备为提高厌氧反应器的运行可靠性，必须设置各种类型的计量设备和仪表，如控制进水量、投药量等计量设备和pH计(酸度计)、温度测量等自动化仪表。自动计量设备和仪表是自动控制的基础。对UASB反应器实行监控的目的主要有两个，一个是了解进出水的情况，以便观测进水是否满足工艺设计情况;另外一个目的是为了控制各工艺的运行，判断工艺运行是否正常。由于UASB反应器的特殊性还要增加一些检测项目，如挥发性有机酸(VFA)、碱度和甲烷等。但是，这些设备属于标准设备，一些设备还很难形成在线的测量和控制。

对于一个新建的UASB反应器来说，启动过程主要是用未经驯化的絮状污泥(如污水处理厂的消化污泥)对其进行接种，并经过一定时间的启动调试运行，使反应器达到设计负荷并实现有机物的去除效果，通常这一过程会伴随着污泥颗粒化的实现，因此也称为污泥的颗粒化。由于厌氧微生物，特别是甲烷菌增殖很慢，厌氧反应器的启动需要很长时间。但是，一旦启动完成，在停止运动后的再次启动可以迅速完成。

一般认为排去剩余污泥的位置是反应器的高度处。但是大部设计者推荐把排泥设备安装在靠近反应器的底部，也有人在三相分离器下0.5m处设排泥管，以排除污泥床上面部分的剩余絮状体污泥，而不会把颗粒污泥排走。UASB反应器排污泥系统必须同时考虑上、中、下不同位置设排泥设备，应根据生产运行中的具体情况考虑实际排泥的要求而确定在什么位置排泥。