实务中，土地增值税清算争议最大，矛盾最为突出。国家税务总局层面的文件远远无法解决清算过程中出现的问题。近几年各省纷纷出台细则，但由于各地存在政策差异，税企争议大，矛盾突出。

一、清算单位的确定

国税发[2006]187号规定土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。国家税务总局并无对“分期开发的项目”界定的文件，在实务中引起了众多争议。各省做法不一，有的以经发局或发改委立项作为分期标准，有的以工程规划许可证作为分期标准，有的以企业会计核算对象作为分期标准，清算单位标准不一。同一集团公司在全国范围不同地区的房地产项目可能因为清算单位标准不一而税负差异巨大。

二、成本对象的分类

《土地增值税暂行条例》规定普通标准住宅的增值率未超过20%，免征土地增值税。国税发[2006]187号规定开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。国税发[2009]91号规定对不同类型的房地产需审核是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。实务中，同一清算单位内划分几种成本对象，对土地增值税影响巨大，特别是普通住宅为负增值或增值率超过20%，不享受免税的情况下，普通住宅和非普通住宅是否分别核算；车位属于住宅还是非住宅或其他类型房产对土地增值税清算税负影响巨大。例如房地产项目普通住宅增值额为-1亿，非普通住宅增值额为2亿，车位增值额-0.2亿，商业增值额0.3亿，如按照江苏省的清算政策，普通住宅、非普通住宅、其他类型房产（明确车位和商业属其他类型房产）应分别核算，则土地增值税清算计税增值额为2.1亿（即普通住宅增值额-1亿不需计税，但也不能与非普通住宅和其他类型房产合并，即需计税增值额为：非普通住宅增值额2亿+其他类型增值额0.1亿（车位-0.2亿+商业0.3亿））；如按照安徽省的清算政策，在纳税人不享受免税政策的情况下，分为住宅、非住宅，则土地增值税清算计税增值额为1.1亿（即普通住宅和非普通住宅均属住宅应合并增值额为1亿，非住宅增值额为0.1亿（车位-0.2亿+商业0.3亿））。由于对于同一清算对象成本对象如何分类国家税务总局没有明确的规定，各省份划分种类也不一致，实际税负差异很大。

三、地下成本的分摊

房地产项目总建筑面积一般包含计容积率面积和不计容积率面积。地下建筑面积往往为不计容积率面积，一般开发产品有地下商业、地下车位、地下储藏室等。对于地下不计容积率面积的开发产品在清算时是仅分摊建安成本，还是需分摊土地成本和所有开发成本，采用什么分摊方法(占地面积法、建筑面积法、层高系数法、基础地下系数法)都对最终税负影响巨大，而国家税务总局并无相关规定，极易引起税企争议。

四、房屋售价的调整

清算中，如存在售价偏低且无正当理由的，税务机关一般按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；对于本企业无参照价格的，可参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。

而实务中，部分项目无本企业参照价格，周边当年同类房地产市场价格也较少，税务机关委托评估公司进行评估，但企业表示异议，自行委托其他评估公司进行评估，由于目前并无相关文件明确土地增值税清算中应采用何种评估方法，可能出现两家评估公司出现评估方法和评估结论出现差异较大的情况，税企争议较大。

五、车位收入的确认

《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人。而目前很多地区车位无法办理产权，其并未取得土地使用权证，其转让行为是否属于土地增值税的征收范围存在争议。又有企业与业主签订车位租赁合同，租期为20年，20年后可继续使用车位等方式变相销售车位，由于国家税务总局并无明确规定，在实务中往往出现两种截然不同的做法：一种是实质重于形式，将无产权车位的变相销售收入确认为土地增值税清算收入，同时允许成本扣除；一种是形式重于实质，将无产权地下车位变相销售收入不确认为土地增值税清算收入，同时不允许成本扣除。

六、清算后续问题的处理

企业完成清算后仍有剩余房产在继续销售，是按月归集进行清算申报还是滚动归集进行清算申报并无文件明确。企业完成清算后，继续支付并取得合法有效凭证支出，是否允许二次清算，各地做法不一。